Η ίδρυση του Ιερού Κελλιού Μαρουδά συμπίπτει με την εποχή που στο μοναστήρι του Χιλιανδαρίου είχαν ξεσπάσει έριδες και ταραχές μεταξύ των μοναχών, στην προσπάθειά τους να εκλέξουν Ηγούμενο. Κατά την παράδοση, τη λύση έδωσε ειρηνικά η Θεοτόκος με θαυματουργό τρόπο, καταλαμβάνουσα τη θέση του Ηγουμένου, με την εικόνα της Τριχερούσας που μετακινήθηκε από τη θέση της στο σύνθρονο του ιερού βήματος, στο ηγουμενικό στασίδι. Από τότε στην Ιερά Μονή Χιλιανδαρίου, μέχρι το 1990, εκλέγονταν μόνο Επίτροπος, ενώ το κορυφαίο αξίωμα στο
μοναστήρι διατηρούσε συνεχώς η Παναγία.
μοναστήρι διατηρούσε συνεχώς η Παναγία.
Ένας από τους υποψηφίους για τη θέση του Ηγουμένου ήταν και ο εκ Μεγάλου Τυρνόβου καταγόμενος Προηγούμενος Βίκτωρ, που το 1653 πήγε στην περιοχή των Καρυών και ίδρυσε, βορειοδυτικά της πολίχνης, σε υψόμετρο 520 μέτρων, Κελλί αφιερωμένο στη Γέννηση της Θεοτόκου, το επονομαζόμενο της Μαρούδας (δηλ. της μικρής Μαρίας, Μαρουδά). Τα έξοδα της ανέγερσης του ναού καθώς και των χώρων εγκατάστασης των μοναχών, κατέβαλε ο ίδιος ο Βίκτωρ με χρήματα που προερχόταν από πατρική κληρονομιά. Το όλο οικοδόμημα δεν πρέπει να καταλάμβανε χώρο μεγαλύτερο από τον μισό του σημερινού ισογείου.
Επιγραφή στα σλαβικά σε μαρμάρινη πλάκα, που βρίσκεται εντοιχισμένη έξω από την εκκλησία, αριστερά της εισόδου, αναφέρει ότι ο Ναός ιδρύθηκε από τον Προηγούμενο Βίκτωρα εν έτει ΡΖΞΑ, δηλαδή το 1653/4. Επίσης επιγραφή στο Ναό, πίσω από τις εικόνες των Αποστόλων στο τέμπλο αναφέρει: Δέησις του δούλου του Θεού Συλωάμ (πιθανόν Σιλουάν - Σιλουανού), ιερομονάχου και της συνοδείας αυτού, έτος ΡΖΞΒ (1654/5).
Το 1796 φθάνουν στο Κελλί ο Γέροντας Διονύσιος με τους μοναχούς Δαμιανό και Κωνστάντιο ενισχύοντας την υπάρχουσα συνοδία του παπα Καλλινίκου. Η συνοδία ήρθε από το Σταυρονικητιανό Κελλί της Καψάλας, των Αγίων Ονουφρίου και Πέτρου, του οποίου σήμερα μόνο τα ερείπια σώζονται.
Η απόδειξη της προέλευσής τους απεικονίζεται στην τοιχογραφία, πάνω από την κεντρική είσοδο, όπου μαζί με τη Θεοτόκο εικονίζονται οι προαναφερθέντες Άγιοι, ενώ επιγραφή αναφέρει: εκτίσθη ο παρών οίκος δια συνδρομής και εξόδων του πανοσιωτάτου Καλλινίκου και Γέρο - Διονυσίου και της συνοδείας αυτών Δαμιανού και Κωνστάντιου και Διαμαντή. 2 Μαΐου 1796.
Η 12η Ιουνίου, ημέρα της εορτής των Αγίων Ονουφρίου και Πέτρου Αθωνίτου, είχε καθιερωθεί σαν δεύτερη πανήγυρη του Κελλιού, ισάξια αυτής της 8ης Σεπτεμβρίου, που τιμάται η Γέννηση της Θεοτόκου.
Η συνοδία αυτή έκτισε τον δεύτερο όροφο, ανακαίνισε την εκκλησία, έκτισε τον στάβλο και άνοιξε το πηγάδι.
Στη νοτιοδυτική γωνία του 2ου ορόφου υπάρχει επιγραφή 23 Ιουνίου 1797, στο δάπεδο της εκκλησίας μαρμάρινη πλάκα με χρονολογία 1814, στη δυτική πλευρά του στάβλου εντοιχισμένη επιγραφή (1820), ενώ το 1816 έγινε η τακτοποίηση της πηγής που βρίσκεται δίπλα στο Κελλί και το 1820 κατασκευάστηκε το πηγάδι δυτικά του Κελλιού.
Το 1816 έγινε η αργυρή επένδυση της θαυματουργής εικόνας της Παναγίας (1798) που βρίσκεται στο Κελλί, από καρυώτικο εργαστήριο αργυροχρυσοχοϊας. Το αργυρεπίχρυσο κάλυμμα της ανωτέρω εικόνας είναι δέηση του Διονυσίου μοναχού και της συνοδίας του.
Σε αντίγραφο ομολόγου του 1800 (8 Δεκεμβρίου) που φυλάσσεται στο Κελλί, διαβάζουμε ότι οι Διονύσιος, Δαμιανός και Κωνστάντιος επλήρωσαν στο Ρωσικό (Ιερά Μονή Αγίου Παντελεήμονος) 200 γρόσια για αγορά του αρσανά στο περιγιάλι «... εις τον μύλον υποκάτωθεν μαζί με τον Αβερκιάδων ... στην παραλία του Ρωσικού».
Μετά τον θάνατο του Διονυσίου (1836), Γέροντας έγινε ο Κωνστάντιος. «Κατά το σωτήριον έτος 1836 Απριλίου 12 ελθών προς την ημετέραν και Ιεράν Σεβάσμιαν Μονήν του Χιλανδαρίου, ο οσιώτατος εν μοναχοίς κυρ Κωνστάντιος, ητήσατο παρ' ημών το Κελλείον το επονομαζόμενον Γεννήσεως της Θεοτόκου. Ιδόντες δε ημείς αυτόν άνδρα τίμιον και ευλαβή, δεδώκαμεν το ρηθέν Κελλείον εις πρόσωπα τρία. Και πρώτον μεν πρόσωπον υπάρχει ο ρηθείς κυρ Κωνστάντιος, και δεύτερον ο εν μοναχοίς Γεράσιμος, και τρίτον έτερος Κωνστάντιος ...». Οι ανωτέρω πλήρωσαν για την έκδοση του ομολόγου του Κελλιού 1.000 γρόσια, το λεγόμενο τριμερίδιον. Στο ομόλογο αυτό, μαζί με την πλήρη καταγραφή της κινητής και ακίνητης περιουσίας του Κελλίου, αναφέρεται και το μετόχι στην περιοχή της Γιοβάνιτσα με 135 ελαιόδενδρα.
Το 1859 Γέροντας γίνεται ο Κωνστάντιος ο μικρός, που ήταν στη συνοδία του προαναφερθέντος Κωνστάντιου. Στο ομόλογο παραχώρησης του Κελλιού αναφέρονται σαν υποτακτικοί οι Δαμιανός και Θεοδόσιος.
Ο ιερομόναχος Θεοδόσιος από το 1865 είναι ο Γέροντας του Κελλιού. Γνωστός ευρύτατα στο Άγιο Όρος, για πολλά χρόνια υπήρξε πνευματικός μοναχών σε διάφορα μοναστήρια.
Το 1909 έκτισε το διώροφο σπίτι στη Γιοβάνιτσα. Παρέμεινε στο Κελλί μέχρι την κοίμησή του, το 1925.
Την ίδια χρονιά, το 1925, αναλαμβάνει Γέροντας στο Κελλί Μαρουδά ο ιερομόναχος Ονούφριος με τους μοναχούς Θεοδόσιο και Ιωακείμ. Ο Ονούφριος συνέχισε την πολύχρονη παράδοση του ιερομονάχου Θεοδοσίου καθοδηγώντας πνευματικά όσους του το ζητούσαν.
Οι υποτακτικοί του τον διαδέχτηκαν μετά τον θάνατό του (1957). Ο Θεοδόσιος 1957-1977 (+ ) και ο Ιωακείμ 1977-1984 (+ ).
Την δεκαετία του 1960 επισκευάζεται η σκεπή του Κελλιού, αφαιρούνται οι σχιστόπλακες και τοποθετούνται κεραμίδια, ενώ ενισχύεται ο λιθόκτιστος σκελετός από οπλισμένο σκυρόδερμα.
Μετά τον θάνατο του Ιωακείμ το 1984, εγκαθίσταται στο Κελλί, για λίγους μόνο μήνες, μια συνοδία μοναχών από το χιλιανδαρινό Κελλί Μπουραζέρι, αποκλειστικά για τη φύλαξή του, μέχρι να έρθει ο νέος Γέροντας με τη συνοδεία του, ο παπα Θόδωρος, που παραμένει ως το 1986 για να τον αντικαταστήσουν οι μοναχοί Ευφρόσυνος και Χρύσανθος, οι οποίοι εγκατέλειψαν το Κελλί το 1991. Το 1985 γίνονται επισκευαστικές εργασίες στην εκκλησία, η οποία ήταν σε άσχημη κατάσταση.
Από το 1991 Γέροντας του Κελλιού είναι ο ιερομόναχος Μακάριος, την συνοδία του οποίου αποτελούν ο ιερομόναχος Παύλος (από το 1997), και ο μοναχός Ιωσήφ (2008).
Το 2002 ο αποθηκευτικός χώρος κάτωθεν της εκκλησίας μετετράπη σε ναΐδριο εις μνήμη του Αγίου Νικολάου Πλανά. Το 2003 κτίστηκε ο ξενώνας στον οποίο έγιναν προσθήκες το 2007, χρονιά που μετατράπηκε η αποθήκη χόρτου σε ναΐδριο προς τιμή της Παναγίας της Τριχερούσας.