Ο Ιερός Ναός της Αγίας Αικατερίνης Εμπορείου χρονολογείται στον 17ο αιώνα. Οι Σιναΐτες Πατέρες επώλησαν τόσο την κτηματική περιουσία
του Μετοχίου όσο και τον Ιερό Ναό στα 1714 οπότε κι έφυγαν από τη Σαντορίνη.
του Μετοχίου όσο και τον Ιερό Ναό στα 1714 οπότε κι έφυγαν από τη Σαντορίνη.
Ο Ιερός Ναός έπαθε σοβαρές βλάβες (γκρεμίστηκε σε μεγάλο τμήμα του) με τον σεισμό της 9ης Ιουλίου του έτους 1956 και επισκευάστηκε κατόπιν από τους κατοίκους του Εμπορείου. Από το έτος 2009 ξεκίνησε η προσπάθεια συντηρήσεώς του.
Στις 16 Ιανουαρίου του έτους 2016 επισκέφθηκε κι ευλόγησε την προσπάθεια ανακαινίσεως ο Σεβασμιώτατος Αρχιεπίσκοπος Σιναίου κ. Δαμιανός.
Οι εργασίες της εκ βάθρων ανακαινίσεως ξεκίνησαν τον Ιούλιο του έτους 2018 και περατώθηκαν ένα χρόνο μετά με τη συνδρομή των κατοίκων του Εμπορείου και την γενναία αρωγή του Πολιτικού Διοικητού του Αγίου Όρους και Ευεργέτου της Ιεράς Μητροπόλεως Θήρας κ. Αθανασίου Μαρτίνου.
Τα εγκαίνια του ανακαινισθέντος Ιερού Ναού πραγματοποιήθηκαν από τον Σεβασμιώτατο Μητροπολίτη Θήρας Αμοργού & Νήσων κ. Επιφάνιο στις 19 Οκτωβρίου του έτους 2019.
Με την ευλογία λοιπόν του Σεβασμιωτάτου Αρχιεπισκόπου Σιναίου κ. Δαμιανού και του οικείου Ποιμενάρχου, Μητροπολίτου Θήρας Αμοργού και Νήσων κ. Επιφανίου πραγματοποιήθηκε στον άρτι εκ βάθρων ανακαινισθέντα Ιερό Ναό Αγίας Αικατερίνης Εμπορείου τόσο ο Μέγας Πανηγυρικός Εσπερινός όσο και η Θεία Λειτουργία.
Των ιερών ακολουθιών προέστη ο αιδεσιμολογιώτατος πρωτοπρεσβύτερος π. Νικόλαος Σιγάλας, Γενικός Αρχιερατικός Επίτροπος της Ιεράς Μητροπόλεως Θήρας Αμοργού & Νήσων και υπεύθυνος του εν Εμπορείῳ Θήρας πάλαι ποτέ διαλάμψαντος Σιναϊτικού Μετοχίου.
Κατά τη Θεία Λειτουργία ο αιδεσιμολογιώτατος π. Νικόλαος Σιγάλας εκήρυξε το θείο λόγο και μετέφερε στους πιστούς τις ευχές και ευλογίες του Σεβασμιωτάτου Αρχιεπισκόπου Σιναίου ως και τις ευχαριστίες του για την γενναία συνδρομή τους στην πρόσφατη ανακαίνιση που κατέστησε τον Ιερό Ναό ένα ακόμα κόσμημα στη Σαντορίνη.
Τόσο κατά τη διάρκεια του Εσπερινού όσο και κατά τη διάρκεια της Θείας Λειτουργίας οι πιστοί είχαν την ιδιαίτερη ευλογία να προσκυνήσουν απότμημα εκ του ιερού λειψάνου της Αγίας Αικατερίνης που θησαυρίζεται στον Ιερό Ναό.
