Ο Άγιος δεν άντεξε, πέταξε στη γη την στρατιωτική του ζώνη απεκδυόμενος μ’ αυτόν τον τρόπο την ιδιότητα του στρατιώτη - διώκτη των χριστιανών, και διέφυγε στο παρακείμενο όρος. Εκεί ασκήτευε, προτιμώντας την συντροφιά των θηρίων της φύσης από την συντροφιά των αποθηριωμένων ειδωλολατρών.Έτσι, σε ηλικία πενήντα περίπου ετών, μετά από θεία αποκάλυψη ότι είχε φτάσει η ώρα του μαρτυρίου, κατέβηκε στην πόλη, σε μέρα ειδωλολατρικού πανηγυριού και με παρρησία, εν μέσω των μαινομένων ειδωλολατρών, ομολόγησε τον Χριστό ως τον ένα και αληθινό Θεό, μυκτηρίζοντας τα κωφά και αναίσθητα είδωλα. Συνελήφθη και σύρθηκε δερόμενος μπροστά στον Πύρρο, τον διοικητή της πόλεως.Ο Πύρρος, ευλαβούμενος στην αρχή την ηλικία και την ευκοσμία του, προσπάθησε με λόγια και υποσχέσεις αλλά και με απειλές στη συνέχεια, να τον αποσπάσει από την πίστη του Χριστού. Όταν οι προσπάθειές του προσέκρουσαν στην σταθερή άρνηση του Αγίου, διέταξε να τον υποβάλουν σε ανυπόφορα βασανιστήρια. Μάλιστα, την ώρα του μαρτυρίου, κάποιοι παλιοί συστρατιώτες του τον προέτρεπαν να θυσιάσει στα είδωλα λέγοντας ότι ο Θεός του θα τον δικαιολογήσει βλέποντας τα βασανιστήρια στα οποία τον υπέβαλλαν. Ο Άγιος αρνήθηκε αποφασιστικά και τους απάντησε ότι προσφέρει θυσία ακόμη και τον εαυτό του στον Χριστό, ο οποίος τον ενδυναμώνει για να υπομένει τις πληγές.Τότε, απελπισμένος ο τύραννος, διέταξε να τον αποκεφαλίσουν. Βαδίζοντας προς τον τόπο της εκτέλεσης ο Άγιος πρόλαβε να ζητήσει από κάποιους κρυπτοχριστιανούς να μεταφέρουν το λείψανό του στην Αίγυπτο.
Ο αποκεφαλισμός του έγινε την 11η Νοεμβρίου στις αρχές του 4ου αι. μ.Χ. (πιθανότατα το 304 μ.Χ.) και έτσι η ψυχή του πέταξε χαρούμενη προς τον Σωτήρα Χριστό τον οποίο τόσο επόθησε ο Άγιος και για τον οποίο θυσιάσθηκε. Οι δήμιοι άναψαν φωτιά για να κάψουν το σώμα του.Αυτό δεν κάηκε και κάποιοι χριστιανοί κατάφεραν ότι περίσωσαν να το μεταφέρουν στην Αλεξάνδρεια.
Όταν ο διωγμός των χριστιανών έπαυσε η παράδοση λέγει ότι άγγελος Κυρίου παρουσιάστηκε στον πάπα Αλεξανδρείας Αθανάσιο,λέγοντας να φορτώσει το σώμα του Αγ.Μηνά σε μια καμήλα και να κατευθυνθεί προς τη Δυτική έρημο.Στο μέρος που κατά θεία παρέμβαση σταματησε η καμήλα,κοντά στη Μαρεώτιδα λίμνη έθαψαν το σώμα του.Για πολλά χρόνια δεν γνώριζαν τίποτα για τον μάρτυρα στρατιώτη Αγ.Μηνά.Μέχρι που κάποια στιγμή κάποια άρρωστα πρόβατα και ο βοσκός που βρισκόνταν σε εκείνα τα μέρη έγιναν κατά θαυμαστό τρόπο καλά.Πολλοί άρρωστοι άρχισαν να έρχονταν εκεί και γινόνταν καλά χωρίς να γνωρίζουν ποιός έκανε αυτά τα θαύματα.Μέχρι και η κόρη ενός αυτοκράτορα του Βυζαντίου(πιθανότατα του Μεγ.Κωνσταντίνου) ήλθε εκεί για να θεραπευθεί.Ένα βράδυ και ενώ βρισκόνταν σ'αυτό το μέρος ,εμφανίστηκε στον ύπνο της ο Αγ.Μηνάς λέγοντάς της ότι εκεί βρίσκονται τα άγια λείψανά του και να χτιστεί εκεί ένας ναός προς τιμήν του.Στα 45 χιλιόμετρα νοτιοδυτικά της Αλεξάνδρειας.ο αυτοκράτορας ,έχτισε προς τιμήν του όχι μόνο έναν ναό αλλά μια πόλη,που συμπεριλάμβανε δρόμους,κτίρια εκκλήσίες και ένα βαπτιστήριο.Η μαρμάρινη πόλη του Αγ.Μηνά έγινε ένα από τα μεγαλύτερα προσκυνήματα της χριστιανοσύνης,αφού έχουν βρεθεί μπουκαλάκια λαδιού ή αγιασμού με χαραγμένο επάνω τους το όνομα του Αγ.Μηνά σε πολλές αρχαιολογικές ανασκαφές στην Χαιδελβέργη,στο Μιλάνο,στη Δαλματία,στη Μασσαλία και στην Ιερουσαλήμ.Στα μέσα του 7ου αιώνα η πόλη καταστράφηκε από τους μουσουλμάνους.Ο πάπας Αλεξανδρείας Κύριλλος ο VI(πάπας μεταξύ 1959-1971),έχτισε ένα από τα πιο εντυπωσιακά μοναστήρια της Αιγύπτου και εκεί φυλάσσεται το λείψανο του Αγ.Μηνά.
Από το 1979 η μαρμάρινη πόλη του Αγ.Μηνά(Abu Mena)ανήκει στα μνημεία παγκοσμίου κληρονομιάς της ΟΥΝΕΣΚΟ.
Στον ναό πίσω από τα λείψανα του Αγ.Μηνά βρίσκεται μια εικόνα στην οποία οι Αιγύπτιοι παρουσιάζουν τον Αγ.Μηνα σε νεαρή ηλικία,με τα χέρια υψωμένα και δυο καμήλες δίπλα του .Οι καμήλες έχουν σχέση με το περιστατικό από τη ζωή του αγίου,όταν φορτωμένες με το σώμα του αγίου δεν ήθελαν να προχωρήσουν,δείχνοντας έτσι ο άγιος το μέρος που θα έθαβαν το σώμα του