Ο εν λόγῳ ναός χρονολογείται στον 18ο αιώνα. Επρόκειτο για μονόκλιτη βασιλική η οποία μετά τον καταστρεπτικό σεισμό του 1956, εξαιτίας του οποίου υπέστη βλάβες, και συγκεκριμένα το έτος 1964 διευρύνθηκε βόρεια και νότια με αποτέλεσμα ο ναός να αποκτήσει εσωτερικά σταυροειδές σχήμα.
Τότε ήταν που κάτοικοι του Εμπορείου αφιέρωσαν οικήματα στο ναό ευρισκόμενα στη νότια πλευρά του κάτω από το Καστέλι, μπροστά από την τωρινή κύρια είσοδο, προκειμένου να δημιουργηθεί ο αύλειος αμφιθεατρικός χώρος του ναού, πού σήμερα πολλάκις παραχωρείται από το Εκκλησιαστικό Συμβούλιο για πραγματοποίηση πολιτιστικών εκδηλώσεων.
Τότε ήταν που κάτοικοι του Εμπορείου αφιέρωσαν οικήματα στο ναό ευρισκόμενα στη νότια πλευρά του κάτω από το Καστέλι, μπροστά από την τωρινή κύρια είσοδο, προκειμένου να δημιουργηθεί ο αύλειος αμφιθεατρικός χώρος του ναού, πού σήμερα πολλάκις παραχωρείται από το Εκκλησιαστικό Συμβούλιο για πραγματοποίηση πολιτιστικών εκδηλώσεων.
Η εξωτερική επισκευή του ιερού ναού (αφαίρεση όλων των επιχρισμάτων και τοποθέτηση νέων) μαζί με την ανοικοδόμηση του νέου κωδωνοστασίου του έγιναν το έτος 2009. Προ διετίας ξεκίνησε η εσωτερική επισκευή (αφαίρεση όλων των επιχρισμάτων, τοποθέτηση νέων, μαρμαρόστρωση δαπέδου, διεύρυνση Ιερού Βήματος, συντήρηση τέμπλου και φορητών εικόνων) η οποία και ολοκληρώθηκε και ταυτόχρονα ο ναός απέκτησε όλο τον απαραίτητο εξοπλισμό του.
Ο ιερός ναός αποδίδεται πλέον και πάλι στη Θεία Λατρεία σύμφωνα με το ακόλουθο πρόγραμμα:
Κυριακή 04 Δεκεμβρίου 2016 & ώρα 17:30
· Ακολουθία επανακαθιερώσεως Αγίας Τραπέζης υπό του Σεβασμιωτάτου Μητροπολίτου ημών κ.κ. Επιφανίου.
· Πανηγυρικός Αρχιερατικός Εσπερινός
Δευτέρα 05 Δεκεμβρίου 2016 & ώρα 07:00
Μεσονυκτικόν, Όρθρος & Θεία Λειτουργία ιερουργούντος του Σεβασμιωτάτου Μητροπολίτου ημών κ.κ. Επιφανίου.
Κλικ εδώ. Εορτασμός Αγίου Σπυριδώνου στο Εμπορείο Σαντορίνης 12.12.2015
Κλικ εδώ. Εορτασμός Αγίου Σπυριδώνου στο Εμπορείο Σαντορίνης 12.12.2014
Κλικ εδώ. Εορτασμός Αγίου Σπυρίδωνα στο Εμπορείο της Σαντορίνης 11 & 12.12.2012
Κλικ εδώ. Εορτασμός Αγίου Σπυρίδωνα στον Πύργο της Σαντορίνης 11 & 12.12.2012
Κλικ εδώ. Εορτασμός Αγίου Σπυρίδωνα στη Μεσαριά της Σαντορίνης 12.12.2012
