Η αγία Ειρήνη αγάπησε αληθινά τον Θεό και τους ανθρώπους, γι’ αυτό και οι μοναχές, μετά την κοίμηση της ηγουμένης, θεώρησαν ότι ήταν η καταλληλότερη γι’ αυτήν τήν διακονία και, παρά την άρνησή της, την ανέδειξαν ηγουμένη. Πολλές φορές
προσευχόταν ολόκληρο το ημερονύκτιο. Άλλοτε επί
δύο ή τρεις ημέρες και καμιά φορά ολόκληρη εβδομάδα, πάντοτε με υψωμένα τα χέρια της.
Όταν ο καιρός το επέτρεπε έβγαινε τα μεσάνυχτα στον αύλειο χώρο της Μονής και προσευχόταν με κατάνυξη, υψώνοντας το βλέμμα της στο κάλλος του ουρανού.
Η Αγία Ειρήνη η Χρυσοβαλάντου κατά θεία οικονομία, για να μη μείνει άγνωστη μια μεγάλη θαυματουργία, πού έγινε αρκετές φορές στο προαύλιο, έτυχε και βγήκε ήσυχα ένα βράδυ κάποια αδελφή από το κελί της. Και βλέπει την αγία πού προσευχόταν, χωρίς να εγγίζουν τη γη τα πόδια της. Αλλά στεκόταν στον αέρα, δύο πήχεις επάνω.
Και κοντά της ήταν δύο κυπαρίσσια πολύ υψηλά. Τα οποία έγερναν τις κορυφές τους μέχρι το χώμα και παρέμεναν έτσι όση ώρα η αγία προσευχόταν.Και όταν τελείωσε, πήγε και στα δύο και αγγίζοντας τις κορυφές τους τα ευλόγησε στο σχήμα του σταυρού και τότε υψώθηκαν κι αυτά και επανήλθαν στην κανονική τους θέση.
Η αδελφή νομίζοντας ότι όσα έβλεπε ήταν καρπός της φαντασίας της δεν είπε σε καμία μοναχή τίποτε. Μετά όμως από κάποιες ημέρες είδαν όλες τους στις κορυφές εκείνων των κυπαρισσιών δύο μαντήλια, πού είχε κρεμάσει η αγία Ειρήνη. Στην απορία των αδελφών πώς βρέθηκαν εκεί, η μοναχή πού είχε προσωπική γνώση του πράγματος διηγήθηκε σε όλες τι συνέβαινε κι εκείνες της παραπονέθηκαν γιατί δεν τις ξύπνησε να το ιδούν.
Ζήτησε δε από όλες τις αδελφές να μη φανερώνουν σε κανέναν, ενόσω εκείνη ζει, τα τυχόν θαυμάσια πού βλέπουν.
Η Αγία Ειρήνη συνδέθηκε και με το περιστατικό των τριών μήλων, όπως το εξιστορεί ο Συναξαριστής:
Ένα βράδυ, καθώς προσευχόταν, ήρθε φωνή προς την οσία πού της είπε: υποδέξου το ναύτη πού σου φέρνει σήμερα τα οπωρικά και να τα φας με χαρά, ώστε η ψυχή σου να νιώσει αγαλλίαση.
Στη διάρκεια του Όρθρου έστειλε δύο μοναχές στην πύλη της Μονής για να υποδεχτούν έναν ναύτη πού ήταν απέξω.
Όταν μετά την Ακολουθία συναντήθηκαν, εκείνος της είπε ότι είναι ναύτης από την Πάτμο.
Καθώς ξεκίνησε το καράβι τους για να πλεύσει στην Κωνσταντινούπολη, ένας σεβάσμιος Γέροντας από την ακτή τους φώναξε, παρακαλώντας να γυρίσουν πίσω για να τους δώσει κάτι.
Όταν φτάσεις στην Πόλη να τα δώσεις στον Πατριάρχη και να του πεις πώς του τα έστειλε ο Θεός και ο δούλος του Ιωάννης από τον Παράδεισο.
Στη συνέχεια έβγαλε άλλα τρία μήλα και μου είπε:
Αυτά να τα δωρήσεις στην ηγουμένη της Μονής Χρυσοβαλάντου, την Ειρήνη, και να της πεις: φάγε από εκείνα πού η καλή σου ψυχή επεθυμεί, διότι τώρα έρχομαι από τον Παράδεισο και τα έφερα.
Λέγοντάς μου αυτά, ο μεν Γέροντας έγινε άφαντος, το δε πλοίο ξεκίνησε.
Κατόπιν ο ναύτης έβγαλε τα τρία μήλα από ένα μεταξωτό μαντήλι και τα έδωσε στην αγία Ειρήνη. Τα μήλα ήταν εξαιρετικά όμορφα, ευωδιαστά και μεγάλα.
Η ηγουμένη νήστεψε επί μία εβδομάδα, ευχαριστώντας τον Κύριο. Έπειτα άρχισε κάθε μέρα και από λίγο να τρώει το ένα μήλο χωρίς επί 40 ημέρες να βάζει στο στόμα της καμιά άλλη τροφή.
Τη δε Μεγάλη Πέμπτη, αφού κοινώνησαν όλες οι αδελφές έκοψε το δεύτερο μήλο και έδωσε σε όλες από ένα κομματάκι.
Κι αυτές αισθάνονταν την ευωδία και τη γλυκύτητά του και θαύμαζαν.
Το τρίτο μήλο το κράτησε η αγία ως πολύτιμο φυλακτήριο.
Ως άνθρωπος, έφτασε κάποτε ο καιρός να ακολουθήσει και η ίδια το κοινό χρέος, το οποίο της φανερώθηκε από άγγελο Κυρίου με τούτα τα λόγια:«Μάθε ότι στις 28 του τρέχοντος μηνός, αφού τιμήσεις την εορτή του μάρτυρος Παντελεήμονος, θα κληθείς να παρασταθείς στο θρόνο του Θεού». Ήταν 26 Ιουλίου όταν τα άκουσε αυτά και στο Μοναστήρι της γιόρταζαν τα εγκαίνια του αρχαγγέλου, διότι σαν τέτοια μέρα είχαν οικοδομήσει και εγκαινιάσει τον ιερό ναό πού ήταν αφιερωμένος στους ταξιάρχες Μιχαήλ και Γαβριήλ.
Αφού κοινώνησε τα άχραντα Μυστήρια μετά από αυστηρή εβδομαδιαία νηστεία, χωρίς να γευθεί τροφή ή και νερού, παρά μόνον από εκείνο το τρίτο μήλο του Παραδείσου, η οσία Ειρήνη ατενίζοντας τον ουρανό έχυνε δάκρυα.
Οι μοναχές την ρώτησαν τι είχε και έδειχνε πικραμένη.
Εκείνη απάντησε: Σήμερα, τέκνα μου, φεύγω από τον παρόντα κόσμο και δεν θα με βλέπετε πλέον, διότι ήρθε η ώρα να πάω στην αιώνια ζωή.
Να εκλέξετε ως προεστώσα την Μαρία, επειδή αυτήν προέκρινε ο Θεός και αυτή θα σας κυβερνήσει θεάρεστα. Προσπαθείστε να βαδίζετε τη στενή και τεθλιμμένη οδό, για να βρήτε ευρυχωρία στον Παράδεισο.
Περιφρονείστε τον κόσμο και τα εγκόσμια, διότι όλα αυτά είναι πρόσκαιρα και μάταια.
Μισείστε τις ψυχές σας για να τις κερδίσετε, σύμφωνα με το θείο πρόσταγμα.
Και γενικά να μη κάνετε το θέλημα της σάρκας αλλά του Θεού.
Διότι μόνον εκείνος μπορεί να σας βοηθήσει την ώρα της κρίσεως.
Αφού έτσι συμβούλεψε τις αδελφές της Μονής, σήκωσε ψηλά τα χέρια και το βλέμμα της και προσευχήθηκε.
Αφού τελείωσε την προσευχή, κάθισε και άρχισε να χαμογελά βλέποντας τους άγιους Αγγέλους πού τη χαιρετούσαν.
Το πρόσωπο της έλαμψε και τότε έκλεισε τα μάτια της σα να κοιμάται.
Έτσι παρέδωσε την αγία ψυχή της στον Κύριο.
Παρόλο πού ήταν 103 χρονών το κάλλος της δεν είχε μαραθεί, αλλά έδειχνε νέα.
Από τον τάφο εξερχόταν «ευωδία θαυμάσιος, μαρτυρούσα την παρρησίαν της οσίας προς Κύριον», ενώ επιτελούνταν με την επίκληση του ονόματος της και πολλά θαύματα.
