Κάποια μέρα που η μοίρα του στόλου ήταν αγκυροβολημένη στη Χίο, καταγγέλθηκε από τον κεντυρίων Ιούλιο στο Ναύαρχο Νουμέριο ότι ο Ισίδωρος είναι χριστιανός.
Ο Νουμέριος δεν άργησε να ακούσει το ίδιο και από τον ίδιο τον Ισίδωρο, όταν τον προσκάλεσε να
ομολογήσει. Τότε τον έδειραν σκληρά και κατόπιν τον έριξαν στη φυλακή.
Ο πατέρας του μόλις έμαθε το γεγονός αυτό, αμέσως κίνησε για τη Χίο, πολύ στενοχωρημένος, διότι ο γιος του εγκατέλειψε την πατροπαράδοτη ειδωλολατρική θρησκεία. Όταν έφθασε στη Χίο, δε δυσκολεύτηκε να δει το γιο του.
Ο Άγιος Ισίδωρος, μόλις αντίκρισε τον πατέρα του, με πολλή ευλάβεια και στοργή τον ασπάσθηκε συγκινημένος.
Το ίδιο έκανε και ο πατέρας του, αλλά δεν άργησε να εκφράσει και τη θλίψη του γι’ αυτόν.
Ο Άγιος Ισίδωρος του είπε ότι μάλλον έπρεπε να χαίρεται, διότι είδε το φως που προσφέρει ο Ιησούς Χριστός.
Ο πατέρας του τον παρακάλεσε θερμά να επιστρέψει στην ειδωλολατρία, αλλά ο Ισίδωρος έμεινε αμετακίνητος στην πίστη του.
Τότε, οργισμένος αυτός, τον καταράστηκε και παρότρυνε το Νουμέριο να τον θανατώσει το συντομότερο.
Και πράγματι, ο Ισίδωρος μετά από διάφορα βασανιστήρια αποκεφαλίσθηκε.
Έτσι, επαληθεύεται ο λόγος του Κυρίου, ότι «παραδώσει εἰς θάνατον πατὴρ τέκνον» (Ματθαίου Ι’ 21).
Δε θα είναι, δηλαδή, μόνο οι ξένοι εναντίον των αγωνιζομένων χριστιανών, αλλά και οι άνθρωποι του σπιτιού τους.
Και θα παραδώσει στο θάνατο ο άπιστος πατέρας το πιστό παιδί του.
Το σεπτό λείψανό του το έριξαν σε φαράγγι, για να τον καταφάγουν τα όρνεα, λίγοι δε στρατιώτες φύλαγαν εκεί, μην τυχόν έλθουν οι Χριστιανοί και παραλάβουν το σώμα.
Όμως, μία Χριστιανή, ονόματι Μυρόπη, ήλθε τη νύχτα και με την βοήθεια δύο υπηρετριών, την ώρα που οι στρατιώτες είχαν πέσει και ησύχαζαν, παρέλαβε το ιερό λείψανο, το οποίο ενταφίασε.
Την επομένη, ο Νουμέριος πληροφορήθηκε ότι το λείψανο του Μάρτυρος είχε αρπαχθεί. Υπέθεσε ότι οι στρατιώτες δελεάστηκαν με χρήματα και δώρα και επέτρεψαν στους Χριστιανούς να παραλάβουν το σώμα του Αγίου.
Γι’ αυτό τους φυλάκισε, ενώ παράλληλα κυκλοφόρησε την είδηση ότι θα τους φονεύσει , αν δεν του πουν σε ποιον παρέδωσαν το λείψανο.Η Μυρόπη έκρινε ότι θα ήταν άδικο να εκτελεσθούν οι στρατιώτες. Γι’ αυτό παρουσιάσθηκε στον Νουμέριο και του δήλωσε την αλήθεια.
Εκείνος έδωσε εντολή να την φυλακίσουν.
Μετά το μαρτύριό της, οι Χριστιανοί έθαψαν με ευλάβεια το λείψανο της Παρθενομάρτυρος κοντά στον τάφο, όπου προηγουμένως αυτή είχε αποθέσει αυτό του Αγίου Ισιδώρου.
Η ύπαρξη των Λειψάνων του Αγίου Ισιδώρου στη Χίο, μαρτυρείται ήδη κατά τον 6ο αιώνα μ.Χ. από τον αγιολόγο Γρηγόριο Τουρώνη.
Προηγουμένως, τον 5ο αιώνα μ.Χ., ο Άγιος Μαρκιανός, Οικονόμος της Αγίας Σοφίας Κωνσταντινούπολης, είχε μεταφέρει στη Βασιλεύουσα την Κάρα και μέρος των Λειψάνων του Μάρτυρος, τα οποία κατέθεσε σε παρεκκλήσιο του Ναού της Παναγίας στο Πέραν.
Τα υπόλοιπα Λείψανα του Μάρτυρος αφαιρέθηκαν από την Χίο το 1125 μ.Χ., με την βοήθεια του Βενετικού Στόλου, από τον Ελληνόφωνο Λατίνο Κληρικό Cebrano Cebrani, με την ευκαιρία στρατιωτικής αποστολής στην Ανατολή του Δόγη Δομηνίκου Michiel.
Την 1η Μαΐου 1356 μ.Χ. τα Λείψανα του Μάρτυρος κατατέθηκαν σε Παρεκκλήσιο προς τιμήν του, μέσα στον Καθεδρικό Ναό του Αγίου Μάρκου.
Την 17η Σεπτεμβρίου 1626 μ.Χ. η Κάρα του Αγίου κλάπηκε από την Τουρκοκρατούμενη Κωνσταντινούπολη με την βοήθεια ντόπιου Χριστιανού, ο οποίος πληρώθηκε αδρότατα από τις Βενετικές Αρχές.
Η Κάρα έφθασε στη Βενετία την 1η Μαρτίου 1627 μ.Χ. και κατατέθηκε στο Θησαυρό του Αγίου Μάρκου.
Ἀπολυτίκιον Ἦχος δ’. Ὁ ὑψωθεὶς ἐν τῷ Σταυρῷ.
Ὡς στρατευθεὶς τῷ Βασιλεῖ τῶν αἰώνων, τῶν ἐπιγείων τὴν στρατείαν ἀπώσω, καὶ εὐθαρςῶς ἐκήρυξας Χριστὸν τὸν Θεὸν· ὅθεν τὸν ἀγῶνά σου, τὸν καλὸν ἐκτελέσας, Μάρτυς θεοδόξαστος, τοῦ Σωτῆρος ἐδείχθης· ὃν ἐκδυσώπει σώζεσθαι ἡμᾶς, τοὺς σὲ τιμῶντας, παμμάκαρ Ἰσίδωρε.https://proseuxi.gr