Ο Ιερός Άγιος Ιωάννης ο Χρυσόστομος, επειδή δεν έκανε διακρίσεις ανάμεσα στα πρόσωπα στην απόδοση του δικαίου και έλεγχε και την ίδια την βασίλισσα Ευδοξία για τις παρανομίες και τις αδικίες της, εξορίσθηκε δύο φορές, αλλά και πάλι ανακλήθηκε από την εξορία. Εξορίστηκε όμως και πάλι για τρίτη φορά.
Η έκπτωση του ιερού Χρυσοστόμου από τον Πατριαρχικό θρόνο προκάλεσε σχίσμα μέσα στην Εκκλησία. Οπαδοί του, που καλούνταν «Ιωαννίτες», δεν αναγνώριζαν τον διάδοχό του, παρά τις επίμονες συστάσεις να υπακούσουν
στους νέους εκκλησιαστικούς άρχοντες και να διαφυλάξουν την ενότητα της Εκκλησίας.
Ο Άγιος Ιωάννης ο Χρυσόστομος οδηγήθηκε στην Κουκουσό και από εκεί στην Αραβισσό και έπειτα, στιν 10 Ιουνίου του έτους 404 μ.Χ., στην Πιτιούντα του Πόντου. Η πορεία του μέχρι εκεί, ήταν όχι μόνο περιπετειώδης, αλλά κυριολεκτικά μαρτυρική, γεμάτη από κακουχίες και δεινοπαθήματα.
Εκεί λοιπόν, στην Πιτιούντα, ο ένσαρκος Άγγελος κλήθηκε από τον πάντων Δεσπότη στις αιώνιες σκηνές, το έτος 407 μ.Χ., ενώ το άγιο σκήνωμά του ενταφιάσθηκε στα Κόμανα του Πόντου μαζί με τα άγια λείψανα των Αγίων Μαρτύρων Βασιλίσκου και Λουκιανού, καθώς είχε αποκαλυφθεί σε αυτόν από αυτούς τους ίδιους διά νυκτερινής οπτασίας, όταν ακόμη ζούσε.
Το σχίσμα των «Ιωαννιτών» αποκαταστάθηκε με την ανακομιδή των ιερών λειψάνων του Αγίου στην Κωνσταντινούπολη, το έτος 438 μ.Χ., επί Πατριάρχου Πρόκλου. Η μεταφορά των ιερών λειψάνων από τα Κόμανα συνοδεύτηκε από μια επιστολή – διαταγή του αυτοκράτορα Θεοδοσίου Β’, υιού του Αρκαδίου και της Ευδοξίας, η οποία έγραφε:
«Επιστολή Βασιλέως Θεοδοσίου προς τον Οικουμενικό Πατριάρχη, Διδάσκαλο και Πνευματικό Πατέρα Ιωάννη τον Χρυσόστομο.
Επειδή, Πάτερ τίμιε, θεωρήσαμε το σώμα σου νεκρό, όπως συμβαίνει με τα άλλα, θελήσαμε απλώς να το πάρουμε και να το μεταφέρουμε προς εμάς. Γι’ αυτό και δικαίως αστοχήσαμε στον πόθο μας.
Αλλά συ τουλάχιστον, Πάτερ τιμιότατε, που δίδαξες σε όλους την μετάνοια, συγχώρησέ μας που σε παρακαλούμε και σαν παιδιά που αγαπάμε τους πατέρες μας επίδωσέ μας τον εαυτό σου και εύφρανε με την παρουσία σου αυτούς που σε ποθούν».
Αυτή την επιστολή του αυτοκράτορα την πήγαν στον Άγιο και την τοποθέτησαν πάνω στην λάρνακά του. Τότε ο Άγιος έδωσε τον εαυτό του στους απεσταλμένους του αυτοκράτορα και έτσι αυτοί μετέφεραν την λάρνακα που περιείχε το άγιο λείψανο στην Κωνσταντινούπολη, χωρίς να κοπιάσουν καθόλου.
Η υποδοχή των ιερών λειψάνων του Αγίου υπήρξε παλλαϊκή. Σύσσωμος λαός, κλήρος και μοναχοί, με επικεφαλής τον αυτοκράτορα, τους αυλικούς, τη σύγκλητο και όλους τους άρχοντες, υποδέχθηκαν και προσκύνησαν με σεβασμό τα λείψανά του.
Με πολύ ευλάβεια μετέφεραν αρχικά τη λάρνακα στο ναό του Αποστόλου Θωμά, στα Αμαντίου, έπειτα δε στο ναό της Αγίας Ειρήνης. Εκεί έβαλαν το άγιο λείψανο πάνω στο σύνθρονο και άπαντες εβόησαν:
«Απόλαβε τον θρόνο σου, Άγιε».
Στη συνέχεια η λάρνακα τοποθετήθηκε σε αυτοκρατορική άμαξα και μεταφέρθηκε στο περιώνυμο ναό των Αγίων Αποστόλων.
Εκεί έβαλαν το άγιο λείψανο πάνω στην ιερή καθέδρα και έγινε το θαύμα: ο Άγιος επεφώνησε προς τον λαό το «Ειρήνη πάσι». Έπειτα το εναπέθεσαν μέσα στο Άγιο Βήμα, κάτω από την Αγία Τράπεζα.
Η Σύναξη του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου ετελείτο στο πάνσεπτο ναό των Αγίων Αποστόλων. Ιερά λείψανα του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου αφιέρωσε διά χρυσοβούλλου στη Μονή Μεγίστης Λαύρας του Αγίου Όρους ο αυτοκράτορας Ιωάννης Τσιμισκής (969-976 μ.Χ.) και τεμάχιο της αριστεράς χειρός ο Ανδρόνικος ο Παλαιολόγος (1282-1328), διά χρυσοβούλλου, τον Ιούλιο του έτους 1284, στη Μονή Φιλοθέου του Αγίου Όρους.
Επίσης, τμήματα του ιερού λειψάνου φυλάσσονται στις μονές Βατοπαιδίου, Ιβήρων, Αγίου Διονυσίου και Δοχειαρίου.
« Ἡ τοῦ στόματός σου καθάπερ πυρσός ἐκλάμψασα χάρις τήν οἰκουμένην ἐφώτισεν• ἀφιλαργυρίας τῷ κόσμῳ θησαυρούς ἐναπέθετο• τό ὓψος ἡμῖν τῆς ταπεινοφροσύνης ὑπέδειξεν. Ἀλλά σοῖς λόγοις παιδεύων, Πάτερ Ἰωάννη Χρυσόστομε, πρέσβευε τῷ Λόγῳ Χριστῷ τῷ θεῷ, σωθῆναι τάς ψυχάς ἡμῶν »